La résistance aux fongicides représente un défi majeur pour la protection des plantes, et soulève la question théorique de la prédiction et de la réduction de l'adaptation chez les champignons. Cette thèse illustre cette problématique en étudiant l'évolution du pathogène fongique Zymoseptoria tritici, responsable au champ de la septoriose du blé, et du fenpicoxamide, représentant un nouveau mode d'action anti-septoriose en cours de développement, et inhibant la respiration mitochondriale en se liant au cytochrome b, au niveau du site de fixation interne de l'ubiquinone (site Qi). Nous avons abordé trois questions principales : 1/ Quel(s) est/sont le(s) mécanisme(s) de résistance le(s) plus susceptibles(s) d’émerger ? ; 2/ Quel est le risque pratique de résistance au fenpicoxamide en conditions contrôlées ? ; 3/ Quelles seraient les stratégies optimales pour réduire ce risque de résistance au fenpicoxamide ?En utilisant l'évolution dirigée, nous avons identifié la résistance de cible, et en particulier une substitution au niveau du site Qi du cytochrome b : G37V, comme le mécanisme de résistance le plus probable, ce qui est cohérent avec l'évolution parallèle observée chez d'autres taxons résistants aux QiIs. Les isolats G37V présentaient des facteurs de résistance élevés contre le fenpicoxamide, à la fois au niveau cellulaire et enzymatique. La substitution G37V entraînait également une réduction de l'activité enzymatique de 50%, sans toutefois avoir d'impact visible sur la croissance in vitro. Les premiers résultats ont également révélé l'absence d'effet de cette réduction d'activité enzymatique sur la pathogénicité, chez des mutants portant les altérations du cytochrome b G37V et G143A. Les tests in planta indiquaient par ailleurs un fort impact de la substitution G37V sur l'efficacité du fenpicoxamide. L'ensemble de ces résultats suggère un risque élevé de résistance en pratique pour le fenpicoxamide, et souligne l'importance primordiale d’implémenter des stratégies efficaces à retarder l'évolution de la résistance au champ. Par évolution expérimentale, nous avons donc évalué divers scénarios de déploiement de fongicides, incluant le fenpicoxamide, mais différant par le nombre de différentes substances actives, leurs risques inhérents de sélectionner la résistance, et la stratégie d’application (par exemple, en alternance ou en mélange). Les premiers résultats indiquaient que le développement de la résistance peut être significativement retardé par des mélanges incluant un partenaire avec un mode d’action différent et présentant une forte synergie avec le fenpicoxamide. En effet, la synergie augmente la dose relative de fongicide appliquée, et permet un contrôle suffisant des génotypes résistants. Nous discutons cependant des limites de cette stratégie.Les résultats de cette thèse ont démontré que l'évolution expérimentale est un outil précieux chez Z. tritici pour établir des hypothèses quant à l’évolution des champignons pathogènes, pour ce qui concerne la résistance aux fongicides. D'un point de vue opérationnel, elle a ouvert de nouvelles perspectives pour mettre en œuvre des recommandations responsables préalablement à la mise sur le marché de nouveaux fongicides, en accord avec la demande d'une utilisation plus prudente des produits phytosanitaires d’origine synthétique.