Le travail présenté dans cette thèse porte sur un ensemble d’études réalisées dans le cadre de l’astronomie multimessager. Ainsi, nous nous basons principalement sur les données récoltées par le télescope à rayons gamma de très haute énergie HESS et par les télescopes sous-marins à neutrinos ANTARES et KM3NeT. Les objets principaux de cette étude sont les microquasars, des systèmes binaires galactiques comportant un objet compact, trou noir ou étoile à neutron, et une étoile compagnon. Ces systèmes présentent des phénomènes d’accrétion-éjection et sont particulièrement visibles dans le domaine des rayons X et des ondes radio pendant des phases d’éruption intense et transitoires. En nous concentrant sur ces phases d’activité, nous recherchons des émissions de rayons gamma et de neutrinos pouvant être marqueurs de l’accélération de particules à très haute énergie dans ces systèmes. Aucun signal significatif n’ayant pu être mis en évidence, les résultats de cette étude sont un ensemble de limites supérieures que nous plaçons sur des distributions spectrales en énergie. Une autre partie de la thèse se place dans le cadre plus large de l’astronomie temps-réel, avec le développement de méthodes d’analyse pour la recherche de signaux neutrinos avec le télescope KM3NeT/ORCA en coïncidence avec des alertes de phénomènes transitoires lancées à la communauté. Ces méthodes sont appliquées à la recherche de corrélation avec des neutrinos de haute énergie détectés par le télescope IceCube, au sursaut gamma GRB221009A et aux détections d’ondes gravitationnelles. Enfin, l’application de ces méthodes à l’analyse de données en temps-réel de KM3NeT est discutée.