Landscaping proteomes with ProFeatMap : a visual expedition into protein interaction, architecture, evolution and misannotation
Panorama de protéomes avec ProFeatMap : une expédition visuelle des interactions, de l’architecture, de l’évolution et des erreurs d’annotation des protéines
Résumé
With the rising importance of omic technologies in the last decades, and the ever growing quantity of data available on proteins, the necessity of global exploration tools emerges. In this thesis, I introduced novel approaches for data representation, leading to the generation of new insights from existing databases. Based on the experience of curating interaction data, I proposed multiple alternative representations to the one used classically by our team. My main contribution in this thesis was the development of ProFeatMap, a freely accessible website and open-source program that will help researchers identify yet overlooked points of interest in their projects and provide tools to investigate them. Furthermore, I initiated the creation of panoramas, a collection of synthetic 2D maps that represent most recurrent domains and repeat families across organisms. I also introduced the concept of mirrored maps designed to facilitate visual comparisons among multiple organisms. Finally, I proposed multiple methods that integrate ProFeatMap and external tools to identify missing annotations and rectify existing ones.
Avec l'importance croissante des technologies omiques au cours des dernières décennies, et la quantité toujours plus grande de données disponibles sur les protéines, la nécessité d'outils d'exploration globale émerge. Dans cette thèse, j'ai introduit de nouvelles approches pour la représentation des données, conduisant à la génération de nouvelles connaissances à partir de bases de données existantes. Basé sur l'expérience du traitement des données d'interaction, j'ai proposé de multiples représentations alternatives à celle utilisée classiquement par notre équipe. Ma principale contribution dans cette thèse a été le développement de ProFeatMap, un site web librement accessible et un programme opensource qui aidera les chercheurs à identifier des points d'intérêt encore inconnus dans leurs projets et fournira des outils pour les étudier. En outre, j'ai initié la création de panoramas, une collection de cartes synthétiques en 2D qui représentent les familles domaines et de repeats les plus récurrentes à travers les organismes. J'ai également introduit le concept de cartes miroir conçues pour faciliter les comparaisons visuelles entre plusieurs organismes. Enfin, j'ai proposé plusieurs méthodes qui intègrent ProFeatMap et des outils externes pour identifier les annotations manquantes et rectifier les annotations existantes.
| Origine | Version validée par le jury (STAR) |
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