Développement d'une approche markovienne pour l'analyse de l'organisation spatiale des génomes. - TEL - Thèses en ligne Access content directly
Theses Year : 2005

Detecting and modeling isochores in genomes with hidden Markov models

Développement d'une approche markovienne pour l'analyse de l'organisation spatiale des génomes.

Christelle Melo de Lima
  • Function : Author
  • PersonId : 832442

Abstract

Large scale sequencing has given access to many complete genomes. Hidden Markov models are one of the most used statistical methods for the analysis of genomics sequences. The objective of this work is to contribute to the analysis and comprehension of the evolution of genomes. A method for predicting isochores adapted to the human genome was developed. The originality of this approach consists in identifying breaks of homogeneity in the sequences. It also consists in identifying their biological impact, such as the UTRs influence may have on the classification of genes in an isochore. This method was then applied to the genome of the tetraodon, when we discovered the existence of a new mosaic structure.
Le séquençage à grande échelle a permis d'accéder aux génomes complets de nombreux organismes. Les modèles de Markov cachés sont une des méthodes probabilistes les plus utilisées pour l'analyse des séquences. L'objectif de ces travaux est de participer à l'analyse de l'organisation et à la compréhension de l'évolution des génomes. Une méthode de prédiction des isochores adaptée au génome humain a été développée. L'originalité de cette approche consiste à identifier des ruptures d'homogénéité des séquences mais surtout leurs causes biologiques, comme l'influence des régions UTRs lors du classement des gènes dans un isochore. Cette méthode a ensuite été appliquée au génome du tetraodon, pour lequel l'existence d'une structure en mosaïque nouvelle le long de son génome a été mise en évidence.
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Dates and versions

tel-00011674 , version 1 (23-02-2006)

Identifiers

  • HAL Id : tel-00011674 , version 1

Cite

Christelle Melo de Lima. Développement d'une approche markovienne pour l'analyse de l'organisation spatiale des génomes.. Modélisation et simulation. Université Claude Bernard - Lyon I, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00011674⟩
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