Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2005

Compositional biases analysis of prokaryote proteins

Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes

Résumé

Living organisms are subjected to diverse selection pressures not only on global phenotype but at each level of cellular organisation.
We analysed the global amino acid composition of all proteins of each proteomes studied using multivariate analysis, Correspondence Analysis and a clustering method called dynamic clouds.
We studied:
(i) prokaryote models E. coli, B. subtilis and M. jannaschii,
(ii) a representative sample of the prokaryote world including 28 organisms of with very diverse characteristics,
(iii) the pathogenicity of P. luminescens,
(iv) a psychrophile feature of the bacterium P. haloplanktis, for which life in the cold is characterised by proteins with a
high asparagine bias, and
(v) a perspective will be to apply these analyses to simple eukaryotes through preliminary analysis of codon usage by P.
marneffei, a dimorphic pathogenic fungus.
Les organismes vivants sont soumis à diverses pressions de sélection qui n'agissent pas seulement au niveau du phénotype global mais à chaque niveau de l'organisation de la cellule.
Nous avons analysé la composition globale en acides aminés de l'ensemble les protéines de chaque protéomes étudiés à l'aide, entres autres, de l'Analyse Factorielle des Correspondances et d'un outil de partitionnement, les nuées dynamiques.
Ont été étudiés
(i) les modèles microbiens les mieux connus E. coli, B. subtilis et M. jannaschii,
(ii) un échantillon représentatif du monde procaryote de 28 organismes aux caractéristiques les plus diverses,
(iii) la pathogénicité de P. luminescens,
(iv) la qualité psychrophile de la bactérie P. haloplanktis, dont la vie à basse température est caractérisée par des
protéines fortement biaisées en asparagine et
(v) une perspective d'application aux eucaryotes simples est évoquée au regard des travaux préliminaires sur l'usage
des codons de P. marneffei, un chamipgnon dimorphique et pathogène.
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Dates et versions

tel-00011839 , version 1 (08-03-2006)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00011839 , version 1

Citer

Géraldine Pascal. Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes. Autre [q-bio.OT]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00011839⟩
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