Subdivided population genetics: theory and applications
Génétique des populations subdivisées : théorie et applications
Résumé
This thesis is concerned with the distribution of genetic variation within subdivided populations. Studying the rare aquatic fern Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta), I show how the concepts of genetic identity and effective size are crucial to understand which evolutionary forces shape the observed genetic variation. In particular, I developed theoretical models to show the influence of spatial and temporal structure on the distribution of genetic variation. From these models, three methods have been developed to analyse the genetic variation in natural populations. The first method enables to estimate the effective size, which determines the intensity of genetic drift. The second one concerns the estimation of sex-biased dispersal rates. Finally, a method has been developed to identify molecular markers that are potentially responding to selection.
Cette thèse a pour objet l'étude théorique de la distribution de la variation génétique dans les populations subdivisées. L'exemple de l'étude d'une fougère aquatique rare Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta) illustre l'importance des notions identité génétique et de taille efficace pour comprendre quelles sont les forces évolutives qui façonnent la variation génétique observée. Plus particulièrement, je me suis intéressé, au travers de modèles théoriques, à l'effet de la structure spatiale ou temporelle des populations sur la distribution de la variation génétique. A partir de ces modèles, trois méthodes d'analyse de la variation génétique dans les populations naturelles ont été développées. La première permet d'estimer la taille efficace, une quantité qui mesure l'intensité de la dérive génétique. La seconde méthode concerne l'estimation des taux de dispersion spécifiques aux individus de sexes différents. Enfin, une méthode de détection de marqueurs moléculaires potentiellement soumis à l'action de la sélection a été développée.