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Thèse Année : 2006

Methodologies of molecular simulation to the calculation of the binding thermodynamic properties : theory and application to differents complexes

Méthodologies de simulation moléculaire pour le calcul de grandeurs thermodynamiques d'association : théorie et application à différents types de complexes

Aziz Ghoufi

Résumé

The development of new methods of perturbation, thermodynamic integration and potential of mean force allowed us to characterize thermodynamically (delta G r, r delta H, delta S r) of the association process between a macrocycle and different types of cations in aqueous solution. Different methodologies have been developed based on the nature of non-covalent interactions involved between the macrocycle and the cation (-pi interaction, electrostatic, van der Waals). When the magnitudes of association were calculated in agreement with experiment, the appearance of complex molecular description and associated phenomena has enabled the coupling between the microscopic and macroscopic thus completing the analysis of the thermodynamic.
Le développement de nouvelles méthodes de perturbation, d'intégration thermodynamique et de potentiel de forces moyennes nous a permis de caractériser thermodynamiquement (delta r G, delta r H, delta r S) des processus d'association entre un macrocycle et différents types de cations en solution aqueuse. Différentes méthodologies ont été développées en fonction de la nature des interactions non-covalentes mises en jeu entre le macrocycle et le cation (interaction-pi, électrostatique, van des Waals). Lorsque les grandeurs d'association calculées étaient en accord avec l'expérience, l'aspect description moléculaire des complexes et des phénomènes associés a permis le couplage entre le microscopique et le macroscopique complétant ainsi l'analyse des grandeurs thermodynamiques.
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Dates et versions

tel-00691202 , version 1 (25-04-2012)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00691202 , version 1

Citer

Aziz Ghoufi. Méthodologies de simulation moléculaire pour le calcul de grandeurs thermodynamiques d'association : théorie et application à différents types de complexes. Chimie analytique. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. Français. ⟨NNT : 2006CLF21655⟩. ⟨tel-00691202⟩
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