Génomique d'un virus zoonotique à ARN : le cas particulier du virus de l'hépatite E - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2012

Genomics of a zoonatic RNA virus : the peculiar case of hepatitis E virus

Génomique d'un virus zoonotique à ARN : le cas particulier du virus de l'hépatite E

Résumé

In France, Hepatitis E virus (HEV) is responsible of sporadic acute hepatitis cases whose origins and ways of transmission remain unclear. However, HEV is the only hepatitis virus to infect animal species other than human. The aim of this thesis was to evaluate the risk of zoonotic transmission from swine HEV to human. A first study of molecular epidemiology showed an active circulation of HEV between the human and swine populations, preferably foodborne. A second study by means of high-throughput sequencing showed the total adaptation of the HEV consensus genome and quasispecies during the inter-species transmission. A third study on three newly sequenced full-length HEV genomes from swine compared to available HEV genomes from humans did not reveal any major host restriction determinants within genotype 3. On the other hand, it revealed the need to reconsider HEV subtype classification in light of the new sequences available. Finally, a reverse genetics system was set up to study the phenotypes of the new human and porcine HEV strains in hepatocyte cell lines. In conclusion, these results showed the zoonotic risk of HEV transmission from swine eaten in France and its full genomic adaptation to its two host species. HEV is a peculiar zoonotic RNA virus whose genetic variability depends on his curious epidemiology, which includes the possibility of foodborne transmissions from a domestic animal reservoir. Finally, this work sets up the perspectives for further phenotypic studies.
En France, le virus de l'hépatite E (VHE) est responsable de cas d'hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d'autres espèces animales que l'homme. Les objectifs de cette thèse ont été d'évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l'Homme. Une première étude d'épidémiologie moléculaire a montré une circulation active du VHE entre les populations porcines et humaines, préférablement par voie alimentaire. Une deuxième étude par séquençage haut-débit a montré l'adaptation totale du génome consensus et de la quasiespèce du VHE lors de la transmission inter-espèce. Une troisième étude de trois nouveaux génomes complets porcins comparé aux génomes VHE humains déjà disponibles n'a pas révélé de déterminants majeurs de restriction d'hôte au sein du génotype 3. Par contre cette étude a mis en avant le besoin de revoir la classification en sous-types du VHE au vu des nouvelles séquences disponibles. Enfin, un système de génétique inverse a été mis en place afin de permettre l'étude phénotypique de nouvelles souches humaines et porcines du VHE dans des lignées hépatocytaires. Ces travaux ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d'un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d'études phénotypiques du VHE

Domaines

Virologie
Fichier principal
Vignette du fichier
THESE_jbouquet.pdf (10.86 Mo) Télécharger le fichier
Loading...

Dates et versions

tel-00827778 , version 1 (29-05-2013)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00827778 , version 1

Citer

Jérôme Bouquet. Génomique d'un virus zoonotique à ARN : le cas particulier du virus de l'hépatite E. Virologie. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00827778⟩
345 Consultations
1075 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More