Approches Métagénomiques en Microbiologie du Sol: Optimisation des Techniques Conventionnelles et Développement d'une Approche Alternative par Capture de Gènes dans une Bactérie Réceptrice. - TEL - Thèses en ligne Access content directly
Theses Year : 2007

Metagenomic Approaches in Soil Microbiology: Optimisation of Classical Technics and Development of an Alternative Approach by Gene Trap in a Recipient Strain.

Approches Métagénomiques en Microbiologie du Sol: Optimisation des Techniques Conventionnelles et Développement d'une Approche Alternative par Capture de Gènes dans une Bactérie Réceptrice.

Nathalie Lombard
  • Function : Author
  • PersonId : 971332

Abstract

Metagenomic approaches have revolutionized environmental microbiology research. They provide access to non-cultivated bacteria by extracting bacterial DNA directly from the environment. However, DNA extraction methods bias the DNA from some environment (e.g. soil). Our objectives were first to optimise metagenomic DNA extraction methods, and secondly to develop a new approach, which avoid extraction biases due to a bacterial strain able to trap soil bacterial DNA in situ. This approach is based on allelic exchange between a metagenomic gene and targeted sequences cloned in the recipient strain. This exchange would result in the removal of the genetically inducible cassette, which when expressed leads to bacterial death. Therefore this approach selects of the only recipient strain that captured the genetic information.
L’approche métagénomique basée sur l’extraction de l’ADN bactérien directement de l’environnement constitue une véritable révolution en microbiologie environnementale en donnant accès aux bactéries non cultivées. Cependant, des biais demeurent liés à l’extraction de l’ADN métagénomique à partir d’environnements comme le sol. Nos objectifs ont été d’une part de tenter d’optimiser les méthodologies d’extraction de l’ADN métagénomique et d’autre part de contourner les biais d’extraction en développant une approche basée sur l’utilisation d’une souche bactérienne capable à terme de piéger in situ des gènes provenant de l’ADN des bactéries du sol. Le principe de cette approche est de permettre l’échange allélique entre des gènes du métagénome et des séquences cibles introduites dans le génome de l’hôte, opération qui s’accompagnera de l’élimination d’une cassette contenant deux gènes dont l’expression induite par l’expérimentateur a un effet létal sur la cellule bactérienne.
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Dates and versions

tel-01211276 , version 1 (04-10-2015)

Identifiers

  • HAL Id : tel-01211276 , version 1

Cite

Nathalie Lombard. Approches Métagénomiques en Microbiologie du Sol: Optimisation des Techniques Conventionnelles et Développement d'une Approche Alternative par Capture de Gènes dans une Bactérie Réceptrice.. Sciences de l'environnement. UCBL, 2007. Français. ⟨NNT : 120-2007⟩. ⟨tel-01211276⟩
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