Cette recherche établit une dialectique entre didactique et histoire des sciences concernant les classifications biologiques, en ciblant le groupe des végétaux qui présente une multiplicité d’acceptions et une importante rectification historique. Cette étude s’inscrit dans le cadre de la formation des professeurs de sciences de la vie et de la Terre et se structure en trois enquêtes complémentaires. La première, de nature didactique, permet d’identifier à l’échelle nationale sept conceptions des végétaux dans une situation classificatoire ouverte et d’étudier les raisonnements classificatoires convoqués dans des situations de classification fonctionnelle puis phylogénétique, ainsi que leur articulation. La seconde enquête, de nature historique, donne accès à l’évolution des idées concernant le groupe des végétaux dans la systématique du XIXème siècle à nos jours. L’accent est mis sur les problèmes que les scientifiques ont cherché à résoudre en élaborant leurs systèmes classificatoires et les obstacles rencontrés. La troisième enquête consiste en l’élaboration, la mise en œuvre et l’analyse d’une reconstruction didactique fondée sur des matériaux historiques, en l’occurrence des articles scientifiques primaires. Cette expérimentation permet d’approfondir l’analyse du raisonnement classificatoire lors d’un débat et de la construction de cartes conceptuelles. Elle vise également à caractériser les conditions de possibilité d’un enseignement basé sur l’histoire des sciences et des articles scientifiques. Une synthèse des principaux obstacles impliqués dans les classifications est dressée en comparant la façon dont ils s’actualisent dans les sphères didactique et historique.