L’objet central de cette thèse est la valorisation des produits frais de la pêche avec d’une part la question des modes organisationnels adoptés par les acteurs de la filière pêche en France et d’autre part la question des facteurs explicatifs des préférences des consommateurs pour ces produits.La théorie néo-institutionnelle sur les structures de gouvernance est utilisée pour analyser les différents modes organisationnels adoptés dans la filière. La théorie de l’innovation est mobilisée pour étudier les apports des innovations organisationnelles à la valorisation de produits frais. Les résultats de l’étude des structures de gouvernance révèlent la complémentarité entre marché et formes hybrides pour l’approvisionnement des grandes et moyennes surfaces en France. Les formes hybrides observées sont principalement la sous-traitance et le partenariat. Les résultats portant sur les innovations organisationnelles mettent notamment en évidence différentes formes de réponses apportées par les acteurs sur la qualité, la fraicheur, la traçabilité et la disponibilité du produit. Enfin, cette thèse a mis en oeuvre la méthode des choix multi-attributs pour analyser les préférences du consommateur de deux produits, le filet de poisson frais et la langoustine fraîche. Grâce à différents modèles logistiques, les résultats ont mis en lumière l’existence de trois catégories de consommateurs. Ils ont aussi confirmé l’existence d’un consentement à payer pour les attributs de fraîcheur, de qualité ainsi que pour certains attributs liés à l’environnement. L’originalité de la thèse est d’avoir inclus parmi les caractéristiques du produit l’attribut empreinte carbone. Elle contribue ainsi à éclaircir le débat sur les critères pertinents de durabilité à mettre dans le référentiel commun relatif à la labellisation des produits de la pêche maritime en France.