Analysis of the chemical space of antimalarial compounds by generative topographie mapping
Analyse de l'espace chimique des composés antipaludiques par la méthode GTM
Résumé
This thesis is dedicated to the concept of the analysis of chemical space, and the application of thatconcept to antimalarial compounds. The analysis of the chemical space of antimalarial compoundshere is done with the aid of the Generative Topographic Mapping (GTM) method. A concept ofUniversal GTM maps is developed and discussed in detail in this thesis: these are maps that areable to accommodate different datasets and associated properties. Three types of maps are builtand analyzed: local, global, and universal. All these maps perform well in predicting compoundsactive against the parasite, as well as in the analysis of chemical space: they help us to study theoverlap of data coming from different sources, detect terra incognita of the antimalarial space,delineate zones corresponding to various mechanisms of action, as well as highlight theinconsistencies in data annotations.
Cette thèse est consacrée à l’analyse de l’espace chimique des composés antipaludiques. L’analyse est faite à l’aide de la méthode des cartes topographiques génératrices (GTM). Un nouveau concept des cartes universelles est introduit et discuté en détail dans cette thèse : ce sont des cartes qui sont capables d’accommoder plusieurs jeux de données et les propriétés associées simultanément. Trois types des cartes sont construits et analysés : les cartes locales, globales et universelles. Elles sont toutes compétentes à la prédiction des composés actifs contre le parasite, ainsi qu’à l’analyse de l’espace chimique. Elles nous permettent d’étudier le recouvrement des données issues des sources différentes, de détecter des terra incognita de l’espace chimique, identifier des zones correspondantes aux différents mécanismes d’action, et révéler des incohérences d’annotations des données.
| Origine | Version validée par le jury (STAR) |
|---|