CARACTERISATION PHENOTYPIQUE ET MOLECULAIRE DE SALMONELLA SP ET ESCHERICHIA COLI ISOLEES CHEZ LES BOVINS DANS LE DISTRICT D'ABIDJAN (CÔTE D'IVOIRE) : IMPACT BIOLOGIQUE DE L'UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2019

PHENOTYPIC AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF SALMONELLA SP AND ESCHERICHIA COLI ISOLATED IN CATTLE IN THE ABIDJAN DISTRICT (IVORY COAST): BIOLOGICAL IMPACT OF ANTIBIOTICS USE

CARACTERISATION PHENOTYPIQUE ET MOLECULAIRE DE SALMONELLA SP ET ESCHERICHIA COLI ISOLEES CHEZ LES BOVINS DANS LE DISTRICT D'ABIDJAN (CÔTE D'IVOIRE) : IMPACT BIOLOGIQUE DE L'UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES

Kouamé Réné Yao
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1060694

Résumé

Bacterial resistance to antibiotics has become a growing concern for the general public and is of increasing scientific interest. The aim of this work is to study the impact of antibiotic treatments in animals on the antibiotic resistance of human pathogenic bacteria. For this study, a cross-sectional survey was carried out on farms and cattle yards in five localities of the Abidjan district (Port-Bouët, Yopougon, Adjamé, Abobo and Bingerville) before the various samples. Strains of Salmonella and ESBL E.coli were isolated from the different samples of fresh bovine stool respectively on Hektoen and Rapid E. coli 2 media containing 2 mg / L of Ceftazidime. An antibiotic susceptibility test was used to determine the resistance profiles of the isolated strains. The search for the different antibiotic resistance and virulence genes was carried out by the PCR technique. The results of the survey showed a high use of tetracycline in farms. Also, out of a total of 420 dung samples analyzed, Salmonella and ESBL E. coli strains were isolated with 20% and 20.2% respectively. The resistance profile of Salmonella strains showed relatively high levels of resistance to tetracycline, minocycline and colistine with rates ranging from 20.2% to 33.3%. However, low levels of resistance were observed with β-lactams, aminoglycosides, fluoroquinolones and trimethoprim / sulfamethoxazole with resistance rates ranging from 1.2% to 6%. For E. coli strains, they had high overall resistance rates to colistin, trimethoprim/sulfamethoxazole, cyclins and β-lactamines and ranged from 58.8% to 97.6%. In contrast, relatively low resistance rates were observed for aminoglycosides, phenicols and fluoroquinolones and ranged from 7.1% to 34.1%. The search for resistance genes by PCR carried out on 26 Salmonella strains and 15 E. coli BLSE strains revealed the presence of blaSHV (7.7%), blaTEM (57.7%), qnrB (30.8%), qnrS (7.7%) and tetA (7.6%) genes in Salmonella. For the ESBL E. coli strains, PCR revealed the presence of blaCTX (73.33%), blaSHV (66.7%), blaTEM (100%), qnrA (100%), qnrB (93.3%), qnrS (60%) and tetA (66.7%). In addition, no blaCTX and qnrA genes were detected in Salmonella strains. The search for virulence genes by PCR has shown that these strains possess at least one virulence gene. In Salmonella, the invA, spvC and iroN genes were detected at 100%, 3.8% and 53.8% respectively. For E. coli BLSE strains, the stx1, stx2, eae, sta and lt genes were detected at 40%, 60%, 86.7%, 2% and 13.3% respectively. Bad practices of antibiotic therapy in farms contribute to the spread of potentially pathogenic and antibiotic-resistant bacteria within the human population. Hence the need to put in place a good plan for monitoring antibiotics on farms.
La résistance bactérienne aux antibiotiques est devenue un sujet de préoccupation croissante pour le grand public et fait l’objet d’un intérêt scientifique accru. L’objectif général de ce travail est d’étudier l’impact des traitements antibiotique chez l’animal sur l’antibiorésistance des bactéries pathogènes humaine. Pour cette étude une enquête transversale a été menée dans les fermes et parcs à bétail de cinq localités du district d’Abidjan (Port-Bouët, Yopougon, Adjamé, Abobo et Bingerville) avant les différents prélèvements. Les souches de Salmonella et E. coli BLSE ont été isolées des différents prélèvements de bouses fraîches de bovin respectivement sur les milieux Hektoen et Rapid E. coli 2 contenant 2mg/L de Ceftazidime. Un test de sensibilité aux antibiotiques a permis de déterminer les profils de résistances des souches isolées. La recherche des différents gènes de résistances aux antibiotiques et de virulences a été réalisée par la technique de PCR. Les résultats de l’enquête ont montré une forte utilisation de la tétracycline dans les élevages. Aussi, sur un total de 420 échantillons de bouses analysés, les souches de Salmonella et E. coli BLSE ont été isolées avec des proportion respectives de 20% et 20,2%. Le profil de résistance des souches de Salmonella a montré des niveaux résistances relativement élevés à la tétracycline, à la minocycline et à la colistine avec des taux variant de 20,2% à 33,3%. Cependant, de faibles niveaux de résistance ont été observés aux β-lactamines, aux aminosides, aux fluoroquinolones et aux triméthoprime/sulfaméthoxazole avec des taux de résistances variant de 1,2% à 6%. En ce qui concerne les souches de E. coli, elles ont présenté dans l’ensemble des taux de résistances élevés à la colistine, aux triméthoprime/sulfaméthoxazole, aux cyclines et aux β-lactamines et ont varié de 58,8% à 97,6%. Par contre, des taux de résistances relativement faibles ont été observé aux aminosides, aux phénicols et aux fluoroquinolones et ont varié de 7,1% à 34,1%. La recherche des gènes de résistance par PCR réalisée sur 26 souches de Salmonella et 15 souches de E. coli BLSE a révélé, chez Salmonella la présence de gène blaSHV (7,7%), blaTEM, (57,7%), qnrB (30,8%), qnrS (7,7%) et tetA (7,6%). Concernant les souches de E. coli BLSE, la PCR a révélé la présence de gènes blaCTX (73,3%), blaSHV (66,7%), blaTEM (100%), qnrA(100%), qnrB (93,3%), qnrS (60%) et tetA (66,7%). Par ailleurs, aucun gène blaCTX et qnrA n’a été détecté chez les souches de Salmonella. La recherche des gènes de virulence par PCR a montré que ces souches possèdent au moins un gène de virulence. Chez les Salmonella les gènes invA, spvC et iroN ont été détectés respectivement à 100%, 3,9% et 53,9%. Quant aux souches de E. coli BLSE, les gènes stx1, stx2, eae, sta et lt ont été détectés respectivement à 40%, 60%, 86,7%, 2% et 13,3%. Les mauvaises pratiques de l’antibiothérapie dans les élevages contribuent à la dissémination des bactéries potentiellement pathogènes et résistantes aux antibiotiques au sein de la population humaine. D’où la nécessité de mettre en place un bon plan de surveillance des antibiotiques dans les élevages.
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Citer

Kouamé Réné Yao. CARACTERISATION PHENOTYPIQUE ET MOLECULAIRE DE SALMONELLA SP ET ESCHERICHIA COLI ISOLEES CHEZ LES BOVINS DANS LE DISTRICT D'ABIDJAN (CÔTE D'IVOIRE) : IMPACT BIOLOGIQUE DE L'UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES. Bactériologie. Université Félix Houphouêt-Boigny (Abidjan,Côte d'Ivoire), 2019. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-02405713⟩
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