Depuis quelques années, la spectrométrie de masse est considérée comme la méthode de référence en chimie analytique. La « protéomique », concept qui a émergé dans les années 2000, consiste en l’identification et/ou la quantification d’un ensemble de peptides et protéines présentes dans un échantillon donné (cellules, tissus, ou des prélèvements biologiques), à un instant donné. Un champ plus spécifique de ce concept, la « protéomique clinique » concerne plus particulièrement l’étude du protéome pour la recherche d’une part, de marqueurs diagnostiques, pronostiques et de suivi thérapeutique des pathologies humaines et, d’autre part, d’acteurs physiopathologiques pouvant servir de cible thérapeutique. Actuellement, la technologie de choix utilisée pour l’analyse des protéines en biochimie clinique est le dosage immuno-enzymatique de type ELISA qui possède des inconvénients majeurs : pas ou peu multiplexable, une grande variabilité, pas de standardisation interne et l’incapacité à distinguer des protéoformes d'une même protéine. La protéomique ciblée de type Liquid Chromatography/Multiple Reaction Monitoring (LC-MRM) permet de surpasser ces inconvénients car elle est multiplexable (>200 protéines/expérimentations), robuste, permet l’utilisation de standard protéique/peptidique interne, et permet de distinguer une grande variété de modifications post traductionnelles.Ce projet de thèse consiste donc à évaluer et valider des techniques de spectrométrie de masse ciblées de type LC-MRM pour la quantification de protéines d’intérêt cliniques. Dans ce cadre, nous allons présenter trois développements de méthode de protéomique clinique : le phénotypage de l’Apolipoprotéine E, facteur de risque de la maladie d’Alzheimer ; la quantification sérique d’un anticorps monoclonal thérapeutique (Bevacizumab) avec immuno-enrichissement ; et la quantification absolue de l’hepcidine dans le cadre des pathologies liées au métabolisme du fer.