Les troubles musculo-squelettiques (TMS) sont une des questions les plus préoccupantes en santé au travail. Ils témoignent de l’intensification des conditions de travail qui affecte un nombre croissant de travailleurs. L’objectif de cette thèse était d’étudier les relations complexes entre les facteurs professionnels, notamment organisationnels, et les TMS de l’épaule.Trois populations salariées ont été étudiées : la cohorte Cosali et deux entreprises automobile et pharmaceutique. L’étude des caractéristiques organisationnelles des situations de travail par classifications ascendantes hiérarchiques des variables et des individus de la cohorte Cosali a identifié une classe d’organisation de type taylorien. Chez ces salariés, les douleurs et TMS de l’épaule étaient plus fréquents. Des modèles à équations structurelles ont montré que les facteurs organisationnels étaient des déterminants distaux des TMS en influençant l’exposition aux facteurs psychosociaux et physiques, alors que l’exposition aux facteurs physiques influençait à son tour les douleurs de l’épaule. L’application de la méthodologie aux deux populations des entreprises automobile et pharmaceutique a confirmé la pertinence du modèle issu de Cosali. En conclusion, les facteurs organisationnels sont des déterminants clés de la survenue des TMS de l’épaule en influençant en cascade les conditions d'exposition aux facteurs psychosociaux et physiques auxquels les travailleurs doivent faire face. Ces connaissances épidémiologiques originales améliorent la compréhension de la chaîne de déterminants des TMS et contribueront au ciblage des interventions de prévention sur les déterminants professionnels modifiables.