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Thèse Année : 2019

Role of the pks genomic island in the synthesis of siderophores-microcins in Escherichia coli

Rôle de l'îlot génomique pks dans la synthèse des sidérophores-microcines chez Escherichia coli

Résumé

Siderophore-microcins H47 and M (MccH47 and MccM) are antimicrobial peptides, built from a peptidic precursor modified with a siderophore enterobactin derived moiety. They are responsible for Escherichia coli strain Nissle (EcN) antagonistic activity against pathogenic enterobacteria. EcN also carries the pks island encoding the genotoxin colibactin production. We determined that the pks island encoded peptidase ClbP was necessary for siderophore-microcins synthesis in EcN. ClbP catalytic site, which is involved in colibactin maturation, plays no role in EcN antagonistic activity, whereas its C-terminal domain, which anchors ClbP to the inner membrane is required. EcN microcin gene cluster is truncated in comparison to E. coli strains CA46 or CA58 microcin gene clusters. We showed that IroB, which is involved in salmochelin synthesis is required for EcN antagonistic activity. It probably replaces its homolog McmL lacking in EcN. We determined that all E. coli strains bearing a truncated microcin gene cluster also carried the pks island and the salmochelin gene cluster. It reinforces the hypothesis of an interplay and a coevolution of these systems. We studied the presence of the microcin, the pks, and the salmochelin gene cluster in a collection of E. coli strains responsible for pyelonephritis, cystitis, or asymptomatic bacteriuria. The genetic analysis of more than 200 strains collected after cytobacteriological examinations of urine confirmed the systematic association between these three gene clusters. The proportion of strains producing MccH47 and MccM is identical whatever the clinical presentation, which tends to prove that they are not virulence factors per se, but that they may favor the colonization of the urinary tract from the intestinal niche.
Les sidérophores-microcines H47 et M (MccH47 et MccM) sont des peptides antimicrobiens hybrides, constitués d'une entité peptidique couplée à un groupement dérivé d'un sidérophore, l'entérobactine. Elles sont à l'origine de l'activité antagoniste de la souche Escherichia coli Nissle (EcN) vis-à-vis d'entérobactéries pathogènes. Cette souche est également porteuse de l'îlot pks à l'origine de la synthèse d'une génotoxine, la colibactine. Nous avons déterminé que la peptidase ClbP codée par l'îlot pks était indispensable à la synthèse des sidérophores-microcines chez EcN. C'est la partie C-terminale ancrant ClbP dans la membrane interne qui permet la synthèse des MccH47 et MccM, et non son site catalytique essentiel à la maturation de la colibactine. Par rapport au système génétique conduisant à la synthèse des MccH47 et MccM chez les souches E. coli CA46 et CA58, l'îlot sidérophores-microcines de EcN est tronqué. Nous avons montré que IroB, impliqué dans la synthèse des salmochélines était indispensable à l'activité antagoniste de EcN, probablement en assurant le rôle de son homologue McmL manquant chez EcN. Nous avons déterminé que l'ensemble des souches séquencées de E.coli portant un îlot microcines tronqué possédait les îlots pks et salmochélines, ce qui renforce l'hypothèse d'une interdépendance et d'une coévolution de ces systèmes. Nous avons étudié la présence des îlots microcines, pks et salmochélines dans une collection de souches de E. coli responsables de pyélonéphrites, cystites ou bactériuries asymptomatiques. L'analyse génétique de plus de 200 souches recueillies à la suite d'examens cytobactériologiques des urines a permis de confirmer l'association systématique de ces 3 îlots. La proportion des souches productrices de MccH47 et MccM est identique quel que soit le tableau clinique, ce qui tendrait à prouver qu'il s'agit davantage d'un facteur permettant la colonisation de l'arbre urinaire à partir de la niche intestinale plutôt que d'un facteur de virulence dans le tractus urinaire.
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  • HAL Id : tel-02736911 , version 1

Citer

Clémence Massip. Rôle de l'îlot génomique pks dans la synthèse des sidérophores-microcines chez Escherichia coli. Microbiologie et Parasitologie. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2019. Français. ⟨NNT : 2019TOU30163⟩. ⟨tel-02736911⟩
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