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Theses Year : 2018

New models for implementation of genome-wide evaluation in black poplar breeding program

Nouveaux modèles pour la mise en œuvre de l’évaluation pan-génomique dans le programme d’amélioration du peuplier

Abstract

Forest species are unique in many ways compared to other domesticated species. Forest trees have long juvenile phases, leading to long and costly selection cycles and requiring selection in several independent stages. Even if this method is operationally effective, it remains costly in terms of time and resources, resulting in a diluted intensity and accuracy of selection. In view of these constraints, trees are good candidates for the implementation of genomic evaluation. Genomic selection (SG) is based on the classification and selection of individuals from the information contained in their genome without using a phenotypic evaluation step and thus accelerating the selection process, in order to identify the situations, criteria and factors in which SG could be a feasible option for poplar. Our study showed that the benefits of genomic evaluation are context-dependent. Genomic evaluation is most effective in the less-advantageous situations, it also benefits from low to medium density genetic information following a high-quality imputation step. Genomic selection could be an interesting option at an early stage, when the accuracy of selection is generally low and genetic variability is abundant. Our work has also shown that it is important to evaluate performance with alternative criteria, such as those related to ranking, especially when these criteria fit the operational context of the breeding programme under study.
Les espèces forestières sont particulières à bien des égards par rapport aux autres espèces domestiquées. Les arbres forestiers ont de longues phases juvéniles, entrainant de long et couteux cycles de sélection et nécesitant une sélection en plusieurs étapes indpendantes. Bien que cette méthode soit efficace du point de vue opérationnel, elle reste couteuse en temps et en ressources, entrainant une dillution de l’intensité et de la précision de sélection. Au vu de ces contraintes, les arbres sont de bons candidats pour la mise en œuvre de l’évaluation génomique. La sélection génomique (SG) repose sur le classement et la sélection d’individus à partir de l’information contenu dans leur génome sans utilisé une étape d’évaluation phénotypique et ainsi accélérer le processus de sélection.Ce travail visait à identifier les situations, les critères et les facteurs dans lesquelles la SG pourrait être une option réalisable pour le peuplier. Notre étude a montré que les avantages de l’évaluation génomique dépendent du contexte. C’est dans des situations les moins avantageuse que l’évaluation génomique se montre la plus performante, elle profite également de la densification de l’inforamtion génétique de faible à moyenne suite à une étape d’imputation de haute qualité. La sélection génomique pourrait être une option intéressante à stade précoce, où la précision de la sélection est généralement faible et la variabilité génétique abondante. Notre travail a également montré qu’il est important d’évaluer les performances avec des critères alternatifs, comme ceux liés au classement, notamment lorsque ces critères répondent au contexte opérationnel du programme d’élevage étudié.
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tel-02786564 , version 2 (23-01-2020)
tel-02786564 , version 1 (05-06-2020)

Identifiers

  • HAL Id : tel-02786564 , version 1
  • PRODINRA : 479787

Cite

Marie Pegard. New models for implementation of genome-wide evaluation in black poplar breeding program. Biotechnology. Université d'Orléans, 2018. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-02786564v1⟩
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