L’ubiquité, l’abondance et la diversité des virus ont mis en exergue qu’ils font partie intégrante des écosystèmes. Afin de mieux comprendre comment ils interagissent, s’adaptent et évoluent, il est essentiel de les étudier à l’échelle des écosystèmes, en particulier à l'échelle des agro-écosystèmes où la promiscuité entre mondes sauvages et cultivées facilitent de nouvelles interactions pouvant aboutir à l‘émergence de nouveaux variants viraux. Cette étude s’est focalisée sur les phytovirus du genre Mastrévirus, transmis par cicadelles et responsables de nombreuses maladies sur cultures en Afrique et dans les îles de l’océan Indien. Nos travaux ont porté sur le développement d’une approche de métagénomique ciblant les virus à petits génomes à ADN circulaire dénommée RCA-RA-NGS. Cette approche repose sur l'amplification en cercle roulant, le marquage des amplicons par PCR aléatoire permettant un multiplexage allant jusqu’à 1200 échantillons et le séquençage haut débit Illumina avant classification des lectures obtenus par recherche de similarité et placement phylogénétique. L’analyse de près de 3000 échantillons représentant 30 espèces de Poaceae a permis de démontrer que 18 de ces espèces et globalement 8 % des plantes évaluées étaient infectées par des mastrévirus. Outre la découverte d'espèces de mastrévirus non décrites auparavant, nos résultats fournissent une vue exhaustive du réseau d'association mastrévirus-hôte au sein d'un agro-écosystème. La topologie de ce réseau suggère (1) l’imbrication des gammes spécialistes dans celles des généralistes mais l’absence de modularité, (2) des hôtes agissant comme des carrefours viraux et (3) la présence de recombinaison.