Durant cette thèse, j'ai employé des approches de transcriptomique comparative pour identifier des processus biologiques impliqués dans la réponse au stress et l’adaptation. Cette étude a mis en évidence l’existence d’un jeu de gènes conservés entre des espèces de vertébrés. L’étude de ces gènes a révélé qu’ils codent majoritairement pour des protéines de la matrice extracellulaire et qu’ils sont co-exprimés, suggérant leur implication dans un même processus de régulation en réponse à un stress. Des études en réseau ont proposé que ces gènes seraient régulés par la voie de signalisation TGFß associée aux facteurs de signalisation CD44 et SRC. En parallèle, j’ai mené une étude de génomique comparative portant sur l’évolution de la voie de biosynthèse du pantothénate chez des bactéries du groupe Candidatus poribacteria. Cette étude a démontré une distribution en mosaïque de deux voies jusqu’alors considérées comme caractéristiques des bactéries et des archées. Par ailleurs, j’ai également développé un outil informatique, PROTEDEX, pour l'analyse intégrative et standardisée de listes de gènes, utilisant des données évolutives et fonctionnelles.