L'impact des activités industrielles humaines conduit à une érosion importante de la biodiversité. Cependant, 94% des espèces décrites ne possèdent pas de statut de conservation, pourtant indispensable à la mise en place de politiques de conservation. En effet, les méthodes utilisées pour attribuer ces statuts sont généralement qualitatives et ne peuvent s’appliquer de manière rigoureuse à l’ensemble des espèces. Nous avons proposé une méthodologie quantitative utilisant les alignements multiples de génomes échantillonnés dans une population donnée pour en inférer l’histoire démographique récente, détectant notamment les changements soudains de taille de population. Nous avons utilisé à la fois l'information issue des polymorphismes, résumée par leur spectre de fréquence, et celle issue de leur liaison génétique, résumée par la distribution des longueurs de segments d’ADN non recombinés, ou compatibles avec une seule généalogie. Nous avons démontré que ces deux sources d’informations n’étaient pas affectées de la même manière par les différents paramètres du scénario démographique considéré. Il est donc possible de gagner en précision en combinant ces deux informations, aussi bien pour sélectionner un scénario que pour en inférer les paramètres. Nous nous sommes également intéressés à un modèle d’évolution moléculaire plus général que le coalescent standard autorisant les multifurcations dans les généalogies et avons démontré que l’utilisation de ce modèle permettait d’expliquer une plus grande partie de la diversité observée.