Polyploid phasing algorithms and applications
Algorithmes de phasage de polyploïdes et leurs applications
Résumé
Polyploidy is observed across life. While genome sequencing and assembly are now routine, polyploids are still unexplored. We developed nPhase, a ploidy agnostic, alignment-based phasing method, opening the door to population genomics and hybrid studies of polyploids. We then applied it to two yeast populations. Saccharomyces cerevisiae has been used to brew beer for thousands of years. Beer yeasts are polyphyletic, with different domesticated subpopulations of high ploidy and genetic diversity. We sequenced and phased 35 beer strains and identified three main subpopulations derived from different admixtures between populations. Brettanomyces bruxellensis is used to brew specialty Belgian beers, kombucha and is a notorious contaminant of wine. We sequenced and phased 71 strains and identified several distinct, independent polyploidization trajectories, highlighting auto- and allo-polyploidization events. Our work has driven insight into the complexity of polyploid populations.
La polyploïdie est répandue dans le monde vivant mais reste peu explorée. Nous avons développé nPhase, une méthode de phasage ploïdie agnostique basée sur l'alignement que nous avons ensuite appliqué à deux populations de levures. Saccharomyces cerevisiae est une levure utilisée pour brasser de la bière depuis des milliers d'années. Ces levures de bière sont polyphylétiques, avec différentes sous-populations domestiquées de ploïdie et de diversité génétique variables. Nous avons séquencé et phasé 35 souches de bière et identifié trois sous-populations principales. Brettanomyces bruxellensis est une levure permettant de brasser des bières belges de spécialité, le kombucha et est un contaminant du vin. Nous avons séquencé et phasé 71 souches et identifié plusieurs trajectoires de polyploïdisation distinctes et indépendantes, mettant en évidence des événements d'auto- et d'allo-polyploïdisation. Nos travaux ont permis de mieux étudier ces populations polyploïdes.
Origine | Version validée par le jury (STAR) |
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