En Europe, les prairies semi-naturelles de moyenne montagne sont principalement des écosystèmes ayant évolués au cours de plusieurs décennies d’activité humaine. Ces écosystèmes présentent une biodiversité remarquable et dépendent de régimes traditionnels de perturbations par la fauche ou le pâturage. Cependant, dans l’objectif d’augmenter leur production de fourrage, les prairies semi-naturelles sont soumises à des régimes de perturbations de plus en plus importants ainsi qu’à de nouveaux types de perturbations. Ce travail de thèse propose d’apporter de nouveaux éléments pour suivre et comprendre l’impact des perturbations sur la diversité des communautés végétales des prairies semi-naturelles.Dans un premier temps, la comparaison de relevés de végétation anciens (2005 à 2009) avec des relevés récents (2019) a été réalisée dans des prairies de fauche de moyenne montagne. Cette comparaison a permis de mettre en évidence des évolutions contrastées de la diversité végétale et des régimes de perturbations entre deux massifs. Dans le massif des Vosges, la diversité végétale ainsi que les régimes de perturbations ne semblent pas avoir évolué. A l’inverse, dans le massif du Jura, la diversité végétale a fortement diminué, probablement en association avec une augmentation de la fréquence des régimes de perturbations et de la fertilisation.Dans un second temps, l’impact de perturbations de forte intensité sur la diversité végétale a été évalué. Dans les prairies de fauche, les perturbations par les pullulations de campagnols terrestres semblent permettre une augmentation de la richesse spécifique par la réduction de la compétition pour la lumière. A l’inverse, ces perturbations semblent favoriser des espèces proches phylogénétiquement et entraîner une diminution de l’équitabilité phylogénétique. Dans les pelouses sèches, les perturbations par l’utilisation de broyeurs de pierres ne semblent pas impacter la diversité végétale. En revanche, la composition en espèces des milieux perturbés évolue vers des végétations de prairies productives suite à la perte des espèces typiques des pelouses.Dans un troisième temps, l’utilisation d’espèces diagnostiques comme indicateurs des régimes de perturbations et de la diversité végétale dans les prairies pâturées du massif du Jura a été testée. Le nombre d’espèces diagnostiques dans un relevé de végétation s’est révélé être un bon indicateur de la diversité végétale et des régimes de fertilisation. Cependant, les espèces diagnostiques ne semblent pas être de meilleurs indicateurs que des espèces généralistes des prairies pour évaluer l’intensité des régimes de perturbations.Nos résultats confirment que les changements de pratiques agricoles sont une menace majeure pour la diversité végétale des prairies semi-naturelles de moyenne montagne, en particulier dans le massif du Jura. Nos travaux mettent également en avant que l’augmentation de la fréquence des régimes de perturbations est susceptible d’avoir davantage d’effets négatifs sur la diversité végétale que des perturbations de forte intensité mais peu fréquentes. Néanmoins, certaines perturbations de forte intensité, comme l’utilisation de broyeurs de pierres, peuvent entraîner des modifications très importantes et irréversibles de la composition en espèces des milieux perturbés. Dans l’objectif de concilier enjeux sociétaux et environnementaux, il convient de maintenir des parcelles productives ou les régimes de perturbations par la fauche ou le pâturage sont fréquents, ce qui permet d’assurer une production fourragère importante. Cependant, Il est également nécessaire de limiter la fréquence et l’intensité des perturbations dans des parcelles encore peu intensifiées afin de protéger leur composition en espèces ainsi que leur diversité végétale.