La transition Eocène-Oligocène (TEO) est une période de changements environnementaux globaux particulièrement marquée en Europe occidentale qui coïncide avec un renouvellement faunique spectaculaire nommé la Grande Coupure. Les artiodactyles endémiques européens (AEE), qui avaient évolué en contexte insulaire jusqu’à la fin de l’Eocène, sont fortement impactés pendant cette période. Les objectifs de cette thèse sont : i) de déterminer la dynamique de diversité des AEE autour de la TEO en identifiant le rôle des facteurs abiotiques et biotiques sur leur diversification ; et ii) de clarifier les relations phylogénétiques au sein des AEE. Le Konzentrat-Lagerstätte multi-sites quercynois (sud-ouest, France) permet d’analyser la dynamique de la diversité des artiodactyles européens de part et d’autre la TEO et de reconstituer l'histoire de leur diversification au niveau spécifique et générique par une approche bayésienne sous un modèle de birth-death (logiciel PyRate). Les résultats mettent en évidence une extinction de 80% des AEE durant la TEO. Cette chute drastique de la diversité n’avait pas été identifiée précédemment et semble être significativement corrélée avec les facteurs abiotiques tels que la température, le niveau marin et les taux de carbone organique. Les résultats sur les artiodactyles vont à l'encontre d'une extinction des taxons endémiques par compétition active avec les immigrants asiatiques et suggèrent plutôt que les formes endémiques se sont éteintes avant l'arrivée des immigrants d'Asie. De plus, de manière surprenante, ils révèlent que certaines familles endémiques auraient même facilité la diversification des immigrants. La résolution fine du registre fossile du Quercy permet de décrire avec un niveau de détail inattendu les interactions entre les familles. Les résultats soulignent la complexité des interactions inter-clades et une forte compétition intra-clade, et montrent que certaines familles semblent être crucia les pour la structuration de l'environnement et des réseaux alimentaires. Les résultats mettent également en évidence que certains caractères « clés » ou « innovants » ont probablement joué un rôle dans la survie de plusieurs espèces endémiques pendant et après la crise. Les analyses phylogénétiques réalisées permettent ensuite de résoudre les relations au sein de la super-famille des Cainotherioidea et de l’ensemble des AEE. La révision de la systématique et de la nomenclature dentaire des Cainotheriidae et la description d’un nouveau taxon permettent de proposer la première phylogénie formelle des Cainotherioidea et de mieux comprendre la mise en place du plan dentaire unique des Cainotheriidae. La construction d’une matrice de taxons/caractères dentaires originale intégrant un large échantillonnage taxinomique des AEE permet ensuite de proposer une des premières phylogénies exhaustives de ces derniers. La topologie du consensus strict présente un grand clade intégrant l’ensemble des espèces d’AEE et se divisant en deux ensembles monophylétiques : le premier se composant des Choeropotamidae, Cebochoeridae, Dichobuninae et des genres Aumelasia, Protodichobune, Buxobune et Hallebune ; et le second se composant successivement des Hyperdichobuninae Amphimerycidae, Xiphodontidae, Anoplotheriidae, Mixtotheriidae et Cainotherioidea. La plupart des (sous-)familles d’AEE sont soutenues par des synapomorphies dentaires à l’exception des Choeropotamidae, Hyperdichobuninae, Amphimerycidae et Dacrytheriinae. La position très dérivée des genres Cuisitherium, Lophiobunodon et Dichobune dans la topologie remet en question l’âge de la radiation initiale des artiodactyles endémiques européens et la situe à la fin de l’Eocène inférieur. Ma thèse souligne ainsi le caractère exceptionnel des phosphorites du Quercy et s'inscrit dans une continuité historique de la recherche quercynoise, prouvant que même 150 ans après leur découverte, le Quercy reste une source unique de nouvelles données.