Étude d’éléments cis-régulateurs de l’initiation de la traduction eucaryote par des méthodes in vitro et par des méthodes de criblage à haut-débit - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2023

Investigation of cis-regulatory elements of eukaryotic translation initiation by in vitro strategies and high-throughput screening methods

Étude d’éléments cis-régulateurs de l’initiation de la traduction eucaryote par des méthodes in vitro et par des méthodes de criblage à haut-débit

Antonin Tidu
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1285581
  • IdRef : 262078910

Résumé

The first part of this work is dedicated to the search for sequences that modulate the recognition of the initiator codon by the ribosome. The analysis of the screening results of reporter RNA libraries carrying randomized nucleotide contexts around the initiator AUG codon, as well as the parallel analysis of the contexts of the initiator AUG codons of human coding sequences, suggest the absence of a minimal motif around the AUG codon that explains its use by the ribosome. Concerning the initiation on non-AUG codons, the results show that it is enhanced by the presence of a downstream and stable-enough RNA structure. The second part is dedicated to the development of a screening method for identifying IRES in a viral genome. A proof-of-concept experiment on a model viral genome containing two IRES showed that the method can identify the two IRES. Finally, the study of the translation of SARS-CoV-2 RNA showed that it requires the stemloop structure at its 5' end in the presence of the viral protein NSP1 which inhibits ribosomes, thus allowing the selective translation of viral RNA.
Le premier volet de ce travail est dédié à la recherche de séquences qui modulent la reconnaissance du codon initiateur par le ribosome. L’analyse des résultats de criblages de banques d’ARN rapporteurs portant des contextes nucléotidiques randomisés autour du codon AUG initiateur, ainsi que l’analyse, en parallèle, des contextes des codons AUG initiateurs des phases codantes humaines, suggèrent l’absence de motif minimal autour du codon AUG permettant d’expliquer son utilisation par le ribosome. Quant à l’initiation sur un codon non-AUG, les résultats montrent qu’elle est favorisée par la présence d’une structure d’ARN assez stable située en aval. Le second volet est dédié à la mise au point d’une méthode de criblage permettant d’identifier des IRES dans un génome viral. Une expérience de preuve de concept sur un génome viral modèle a montré que la méthode permet d’identifier les deux IRES qui s’y trouvent. Enfin, l’étude de la traduction de l’ARN du SARS-CoV-2 a montré qu’elle nécessite la structure en tige-boucle à son extrémité 5’ en présence de la protéine virale NSP1 qui invalide les ribosomes, permettant ainsi la traduction sélective de l’ARN viral.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04212287 , version 1 (20-09-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04212287 , version 1

Citer

Antonin Tidu. Étude d’éléments cis-régulateurs de l’initiation de la traduction eucaryote par des méthodes in vitro et par des méthodes de criblage à haut-débit. Génétique. Université de Strasbourg, 2023. Français. ⟨NNT : 2023STRAJ033⟩. ⟨tel-04212287⟩
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