Structure et fonctionnement des colonies de Grand rhinolophe en Poitou-Charentes - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2019

Population structure and dynamics of the endangered greater horseshoe bat in Poitou-Charentes

Structure et fonctionnement des colonies de Grand rhinolophe en Poitou-Charentes

Résumé

The greater horseshoe bat is an insectivorous bat species that maintains a close proximity to humans, including the choice of its roosts and foraging areas. In 2016, this bat species was listed as Vulnerable on the regional red list of the former Poitou-Charentes region following the observation of a decline in the last fifteen years. In this context, the aim of this thesis is to describe the biology of the greater horseshoe bat populations and to understand the influence of the landscape on their functioning. Specifically, it involves i) analyzing if the landscape can limit gene flow between populations, ii) identifying potential vulnerable populations, and iii) determining, from the prey spectrum of the greater horseshoe bat, the landscapes to be preserved as a priority to preserve the key resources of this species. First, the population genetic approach showed the existence of a large stable population with high genetic diversity from France to the south-west of the Pyrenees (Spain). A weak pattern of isolation by distance between these colonies and strong coefficients of relatedness between very distant individuals underline the great ability of the greater horseshoe bat to move. However, the colonies at the north of the range show lower genetic diversity and greater genetic differentiation with the other colonies, suggesting that these northern colonies are more vulnerable to extinction. Then, we developed a molecular approach to study the diet from guanos that allows a simultaneous identification of the bat species and its prey - without penalizing the amplification of the prey by an over-amplification of the predator - from guano samples. Our comparative multicriteria analyzes of primers sets enabled us to determine the optimal protocol for studying the diet of insectivorous bats according to the type of sampling, the type of colony studied and the logistical constraints. Finally, our sampling of seven colonies throughout the maternity season showed that the greater horseshoe bat feeds on much more diverse prey than expected from the literature, but that the majority of these are poorly occurrents. Diversity analyzes reveal a high plasticity of diet strategies according to the quality of the surrounding landscape, the phenology of the prey, and the energetic needs of the greater horseshoe bat. The most commonly detected prey species are associated with the presence of permanent hedgerows and grasslands, and some with woodlands. These elements of the landscape are therefore primarily to conserve, not only to maintain connectivity between colonies and foraging areas, but also to preserve the key resources of the greater horseshoe bat. In conclusion, this thesis made it possible to define suitable conservation units that take into account genetic processes. Although the landscape does not appear to limit breeding dispersal in this species, some landscape features strongly affect the diet of greater horseshoe bat and should be considered in conservation strategies.
Le Grand rhinolophe est une espèce de chauve-souris insectivore qui entretient une proximité étroite avec l'être humain, notamment par le choix de ses gîtes dans des bâtis et de ses zones de chasses. En 2016, cette espèce de chauve-souris a été listée comme Vulnérable sur la liste rouge régionale de l'ex région Poitou-Charentes suite à l'observation d'un déclin depuis une quinzaine d'années. Face à cette situation, l'objectif de cette thèse est de décrire la biologie des populations du Grand rhinolophe et de comprendre l'influence du paysage sur le fonctionnement de celles-ci. Plus précisément, il s'agit i) d'analyser si le paysage est un facteur pouvant limiter les flux de gènes entre populations, ii) d'identifier d'éventuelles populations vulnérables, et iii) de déterminer, à partir du spectre des proies du Grand rhinolophe, les paysages à conserver en priorité pour préserver les ressources clés de cette espèce. Dans un premier temps, l'approche de génétique des populations a permis de montrer l'existence d'une grande population stable à forte diversité génétique en France et jusqu'au Sud-Ouest des Pyrénées (Espagne). Un faible patron d'isolement par la distance entre ces colonies et de forts coefficient d'apparentement entre individus très éloignés soulignent la grande capacité du Grand rhinolophe à se déplacer. Cependant les colonies au Nord de l'aire de répartition montrent une plus faible diversité génétique et une plus grande différenciation génétique avec les autres colonies, ce qui suggère que celles-ci sont plus vulnérables à l'extinction. Dans un deuxième temps, nous avons développé une approche moléculaire d'étude du régime alimentaire à partir de guanos qui permet une identification simultanée de l'espèce de chauve-souris et de ses proies - sans pénaliser l'amplification des proies par une suramplification du prédateur - à partir d'échantillons de guano. Nos analyses multicritères comparatives de couples d'amorces permettent de déterminer le protocole optimal pour étudier le régime alimentaire de chauves-souris insectivores selon le type d'échantillonnage, le type de colonie étudiée et les contraintes logistiques. Enfin, notre suivi de sept colonies tout au long de la saison de maternité a permis de montrer que le Grand rhinolophe se nourrit de proies beaucoup plus diverses qu'attendu d'après la littérature, mais que la majorité de celles-ci sont peu occurrentes. Les analyses de diversité révèlent une forte plasticité des stratégies de régime alimentaire selon la qualité du paysage environnant, la phénologie des proies, et les besoins énergétiques du Grand rhinolophe. Les espèces de proies les plus fréquemment détectées sont notamment associées à la présence de haies et de prairies permanentes, et quelques-unes aux milieux boisés. Ces éléments du paysage sont donc prioritairement à conserver pour non seulement assurer un maintien de la connectivité entre colonies et zones de chasse, mais également pour préserver les ressources clés du Grand rhinolophe. En conclusion, cette thèse a permis de délimiter des unités de conservation adaptées qui prennent en compte les processus génétiques. Bien que le paysage ne semble pas limiter la dispersion pour la reproduction chez cette espèce, certains éléments paysagers affectent fortement le régime alimentaire du Grand rhinolophe et doivent donc être pris en compte dans les stratégies de conservation.
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Origine Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04269172 , version 1 (03-11-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04269172 , version 1

Citer

Orianne Tournayre. Structure et fonctionnement des colonies de Grand rhinolophe en Poitou-Charentes. Génétique des populations [q-bio.PE]. Montpellier SupAgro, 2019. Français. ⟨NNT : 2019NSAM0047⟩. ⟨tel-04269172⟩
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