Médecine de précision : la voie ontologique - Application à la psychiatrie - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2023

Precision medicine : the ontological way - Application in psychiatric field

Médecine de précision : la voie ontologique - Application à la psychiatrie

Résumé

Precision medicine is a recent medical approach that takes into account patients' genomic, biological, environmental and social features to provide better disease risk assessment, more accurate diagnosis, better prognostic capacity and more personalized treatment. It is therefore characterized by the use of vast quantities of heterogeneous data. The use of such data raises questions of integration and interoperability. Their subsequent re-use presupposes an understanding of their semantics and the context in which they were produced. In both respects, the use of computerized ontologies is a viable and proven solution. A third aspect concerns data analysis, for which the organization of data in a knowledge graph opens up new perspectives. In this sense, we see an “ontological way” for precision medicine. As part of the PsyCARE university-hospital research project, which bears witness to the emergence of this medical approach in psychiatry, we are proposing a modular ontology. The top-level module focuses on the representation of change and temporality. The mid-level module is a core ontology for medical data. The module dedicated to the psychiatric clinic also aims at the semantic annotation of psychiatric documents. Several domain ontologies corresponding to the disciplines concerned (brain imaging, biology, speech analysis, psychomotricity assessment) are being developed on the basis of an Ontology Design Pattern developed for this purpose.
La médecine de précision est une approche médicale récente prenant en compte les caractéristiques génomiques, biologiques, environnementales et sociales des patients pour proposer une meilleure évaluation des risques de maladies, un diagnostic plus fin, une meilleure capacité pronostique, une plus grande personnalisation des traitements. Elle se caractérise donc par le recours à une très large quantité de données, de sources et de natures diverses. L’exploitation de ces données soulève en premier lieu des enjeux d’intégration et d’interopérabilité. Leur réutilisabilité ultérieure suppose la compréhension de leur sémantique et du contexte dans lequel elles ont été produites. Sous ces deux aspects, l’utilisation d’ontologies informatiques constitue une solution viable et éprouvée. Un troisième aspect concerne l’analyse de ces données, pour laquelle l’organisation de ces dernières en un graphe de connaissances ouvre des perspectives propres. C’est en ce sens que nous considérons qu’il existe une « voie ontologique » pour la médecine de précision. Dans le cadre du projet de recherche hospitalo-universitaire PsyCARE, qui témoigne de l’émergence en psychiatrie de cette approche médicale, nous proposons une ontologie modulaire. Le module de haut niveau accorde une importance majeure à la représentation du changement et de la temporalité. Le module de niveau intermédiaire est une ontologie noyau des données médicales. Le module dédié à la clinique psychiatrique vise également à l’annotation sémantique de documents de psychiatrie. Plusieurs ontologies de domaine correspondant aux disciplines convoquées (imagerie, biologie, analyse du discours, évaluation de la psychomotricité) sont développées à partir d’un patron de conception ontologique élaboré à cette occasion.
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HILBEY_Jacques_these_2023.pdf (13 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04300740 , version 1 (22-11-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04300740 , version 1

Citer

Jacques Hilbey. Médecine de précision : la voie ontologique - Application à la psychiatrie. Intelligence artificielle [cs.AI]. Sorbonne Université, 2023. Français. ⟨NNT : 2023SORUS311⟩. ⟨tel-04300740⟩
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