Species-wide survey of transcript and protein abundance variation in yeast
Analyse de la variation de l’abondance des transcrits et des protéines à l’échelle de l’espèce chez la levure
Résumé
An astonishing phenotypic diversity can be observed in natural populations. One of the major goals of modern biology is to unravel the genetic origins of this phenotypic landscape. Gene expression is known to be a main determinant of the relationship between genotypes and phenotypes. In recent decades, several analytical and technical advances have made it possible to study gene expression at every step of the expression process and at very large scales. However, a complete exploration of gene expression across the entire process and at the population scale is still lacking. The goal of this dissertation is to get a more comprehensive view of how each layer of gene expression varies, influences each other, and is related to the natural genetic diversity observed within species. To this end, we analyzed the transcriptomes and proteomes of a large natural population of S. cerevisiae and found unsuspected differences between mRNA and protein abundance regulation. Simultaneously, we studied the gene expression process at three different molecular levels and found that important buffering mechanisms underlie the expression variation between individuals.
Une importante diversité phénotypique peut être observée au sein des populations naturelles. L'un des principaux objectifs de la biologie moderne est d'élucider les origines génétiques de cette diversité. L'expression des gènes est l’un des principaux acteurs de la relation entre les génotypes et les phénotypes. Au cours des dernières décennies, plusieurs avancées analytiques et techniques ont permis d'étudier l'expression des gènes à chaque étape du processus d'expression et à très grandes échelles. Cependant, aucune exploration complète de l'expression des gènes à travers l'ensemble du processus et à l'échelle des populations n’a à ce jour été réalisée. L'objectif de cette thèse est d'obtenir une vision plus complète de la façon dont chaque niveau de l'expression de gène varie, s'influence mutuellement et est liée à la diversité génétique naturelle observée au sein des espèces. Pour ce faire, nous avons analysé les transcriptomes et les protéomes d'une population naturelle de S. cerevisiae et avons observé d’importantes différences entre la régulation de l'abondance des ARNm et des protéines. En parallèle, nous avons étudié le processus d'expression des gènes à trois niveaux moléculaires différents et découvert que d'importants mécanismes d’atténuation impactent les variations d'expression entre les individus.
| Origine | Version validée par le jury (STAR) |
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