Les rivières des milieux insulaires de l’Indo-Pacifique sont colonisées par des espèces amphidromes, majoritairement Gobiidae et Eleotridae. Chez ces espèces, les adultes vivent et pondent en milieu dulçaquicole ; après l’éclosion, les larves dévalent les rivières jusqu’à atteindre le milieu marin où elles vont effectuer une partie de leur croissance et se disperser. Après 3 à 9 mois passés en mer, les post-larves recrutent en estuaire, se métamorphosent et colonisent les rivières. Les Eleotris (Teleostei: Gobioidei: Eleotridae) constituent un maillon clé dans ces systèmes de par leur statut de prédateur mais ils sont très peu étudiés. Leur taxonomie n’a jamais été approfondie et reste confuse. L’étude morpho-méristique des types et de spécimens récents nous a permis de mettre en place une première clé de détermination des Eleotris valides de l’Indo-Pacifique ainsi qu’une aide à l’identification des post-larves d’E. fusca, E. acanthopoma et E. melanosoma. A partir de l’étude taxonomique morphologique et moléculaire (COI et mitogénome partiel), nous avons pu mettre en évidence la présence de nombreuses espèces cryptiques au sein du genre Eleotris. La corroboration de ces résultats a permis de valider les patterns de papilles sensorielles céphaliques situés sur les opercules comme critères diagnostiques. A la suite de ces travaux, nous avons pu valider parmi les 34 noms d’espèces répertoriés 16 noms d’espèces dont 6 sont des nouvelles espèces. Nous avons pu montrer que la phylogénie moléculaire du genre reflétait l’évolution des papilles sensorielles operculaires. Cette phylogénie a aussi mis en évidence un complexe « fusca », composé de deux espèces, E. fusca et E. klunzingerii, pour lesquelles le cycle amphidrome a été validé par ablation laser et la phylogéographie et la dispersion larvaire ont été étudiées. A partir des études de phylogéographie nous avons constaté que 2 espèces à large répartition (E. fusca et E. acanthopoma) pouvaient présenter des flux de gènes entre les populations très différents ceci pouvant s’expliquer par la présence ou non de barrières à la dispersion. Les durées de vie larvaire en mer observées chez E. fusca, à partir de l’étude des otolithes, n’ont montré aucune différence selon les localités (océan Pacifique) tandis que des différences significatives ont été observées chez E. klunzingerii dans l’océan Indien. L’ensemble des résultats de cette thèse devraient permettre aux gestionnaires des pêches et de l’environnement de mieux appréhender ce groupe complexe.