Intégration et utilisation secondaire des données de santé hospitalières hétérogènes : des usages locaux à l'analyse fédérée - TEL - Thèses en ligne
Thèse Année : 2024

Integration and secondary use of heterogeneous hospital health data : from local uses to federated analysis

Intégration et utilisation secondaire des données de santé hospitalières hétérogènes : des usages locaux à l'analyse fédérée

Romain Griffier
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1488247
  • IdRef : 252908562

Résumé

Healthcare data can be used for purposes other than those for which it was initially collected: this is the secondary use of health data. In the hospital context, to overcome the obstacles to secondary use of healthcaree data (data and organizational barriers), a classic strategy is to set up Clinical Data Warehouses (CDWs). This thesis describes three contributions to the Bordeaux University Hospital’s CDW. Firstly, an instance-based, privacy-preserving, method for mapping numerical biology data elements is presented, with an F-measure of 0,850, making it possible to reduce the semantic heterogeneity of data. Next, an adaptation of the i2b2 clinical data integration model is proposed to enable CDW data persistence in a NoSQL database, Elasticsearch. This implementation has been evaluated on the Bordeaux University Hospital’s CDW, showing improved performance in terms of storage and query time, compared with a relational database. Finally, the Bordeaux University Hospital’s CDW environment is presented, with the description of a first CDW dedicated to local uses that can be used autonomously by end users (i2b2), and a second CDW dedicated to federated networks (OMOP) enabling participation in the DARWIN-EU federated network.
Les données issues du soin peuvent être utilisées pour des finalités autres que celles pour lesquelles elles ont été collectées initialement : c’est l’utilisation secondaire des données de santé. Dans le contexte hospitalier, afin de lever les verrous de l’utilisation secondaire des données de santé (verrous liés aux données et verrous organisationnels), une stratégie classique consiste à mettre en place un Entrepôt de Données de Santé (EDS). Dans le cadre de cette thèse, trois contributions à l’EDS du CHU de Bordeaux sont décrites. Premièrement, une méthode d’alignement des data éléments de biologie numérique basée sur les instances et conforme aux règles de protection des données à caractère personnel est présentée, avec une F-mesure à 0,850, permettant de réduire l’hétérogénéité sémantique des données. Ensuite, une adaptation du modèle d’intégration des données cliniques d’i2b2 est proposée pour assurer la persistance des données d’un EDS dans une base de données NoSQL, Elasticsearch. Cette implémentation a été évaluée sur la base de données de l’EDS du CHU de Bordeaux et retrouve des performances améliorées en termes de stockage et de temps de requêtage, par rapport à une base de données relationnelle. Enfin, une présentation de l’environnement EDS du CHU de Bordeaux est réalisée, avec la description d’un premier EDS dédié aux usages locaux et qui peut être exploité en autonomie par les utilisateurs finaux (i2b2), et d’un second EDS, dédié aux réseaux fédérés (OMOP) permettant notamment la participation au réseau fédéré DARWIN-EU.
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Origine Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04880743 , version 1 (11-01-2025)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04880743 , version 1

Citer

Romain Griffier. Intégration et utilisation secondaire des données de santé hospitalières hétérogènes : des usages locaux à l'analyse fédérée. Médecine humaine et pathologie. Université de Bordeaux, 2024. Français. ⟨NNT : 2024BORD0479⟩. ⟨tel-04880743⟩
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