Bioinformatical and Satistical Tools Development for the Human Hepatic Transcriptome using Microarrays : Application to the Acute Phase Response of Inflammation
Developpement d'outils bioinformatiques et statistiques pour l'analyse du transcriptome hepatique humain par puces a ADN : application a la reponse inflammatoire aigue systemique.
Résumé
The inflammation acute phase is a transitional period that follows the trauma, predominantly coordinated by mediators such as cytokines. The latter mainly targets the liver which then regulates among others APP and APRIPS production.
This work initially shows the creation of a microarray platform dedicated to
human hepatic transcriptome analysis and founded on the one hand on the development of the microarray itself by indicating cDNA probes which define it, on the other hand on the creation of a standardized database and also by the writing of statistical analysis software.
It shows finally how this platform allowed to highlight on the one hand a correlation between both 134 transcripts and inflammation degree and on the other hand a list of genes clustered in 12 functional groups undergoing modifications of their transcription, their post-transcriptionnal stability and their translation during the inflammation acute phase.
This work initially shows the creation of a microarray platform dedicated to
human hepatic transcriptome analysis and founded on the one hand on the development of the microarray itself by indicating cDNA probes which define it, on the other hand on the creation of a standardized database and also by the writing of statistical analysis software.
It shows finally how this platform allowed to highlight on the one hand a correlation between both 134 transcripts and inflammation degree and on the other hand a list of genes clustered in 12 functional groups undergoing modifications of their transcription, their post-transcriptionnal stability and their translation during the inflammation acute phase.
La phase aigue de l'inflammation sytemique est une periode de transition subsequente au trauma, coordonnee par des mediateurs telles les cytokines. Ces dernieres ciblent ma joritairement le foie, lequel regule alors principalement la production des APPs et des APRIPs.
Ce travail montre d'abord la creation d'une plate-forme a puces a ADN dediee a l'etude du transriptome hepatique humain et fondee d'une part sur le developpement de la puce elle-meme par la designation des sondes ADNc qui la definissent, d'autre part sur la creation d'une base de donnees standardisee et ́egalement sur l'ecritre de programmes d'analyse statistique.
Il montre enfin comment cette plate-forme a permis de mettre en evidence d'une part une correlation entre 134 transcripts et le degre de l'inflammation et d'autre part une liste de genes repartis en 12 groupes fonctionnels subissant une alteration de leur transcription, de leur stabilite post-transcriptionnelle et de leur traduction durant la phase aigue de linflammation.
Ce travail montre d'abord la creation d'une plate-forme a puces a ADN dediee a l'etude du transriptome hepatique humain et fondee d'une part sur le developpement de la puce elle-meme par la designation des sondes ADNc qui la definissent, d'autre part sur la creation d'une base de donnees standardisee et ́egalement sur l'ecritre de programmes d'analyse statistique.
Il montre enfin comment cette plate-forme a permis de mettre en evidence d'une part une correlation entre 134 transcripts et le degre de l'inflammation et d'autre part une liste de genes repartis en 12 groupes fonctionnels subissant une alteration de leur transcription, de leur stabilite post-transcriptionnelle et de leur traduction durant la phase aigue de linflammation.