Analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique du puceron Acyrthosiphon pisum - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Hdr Année : 2006

Transcriptome analysis of Buchnera aphidicola, the principal symbiotic bacteria of the aphid Acyrthosiphon pisum

Analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique du puceron Acyrthosiphon pisum

Résumé

These last ten years, the dazzling advances in computing and microfluidics applied to molecular biology (PCR and sequencing) caused a complet rescaling of the data sets coming from a single experiment. This essay presented for the « Habilitation à Diriger des Recherches » is devoted to the transcriptome of the intracellular symbiotic bacteria of aphids, Buchnera aphidicola. In a first part, the main methods of differential statistics and data integration will be presented as a bibliographic report. The second part details bioinformatic tools for microarrays: ROSO, a software for oligonucleotide probe optimisation, the Buchnera microarray and SITRANS, an information system for the management of microarray data. The last part characterizes the transcriptome of Buchnera in trophic stressed conditions of their aphid host. Transcription regulation is yet little-known in the reduced genomes of intracellular bacteria. This question will be first adressed in Buchnera at the level of the molecular evolution with the analysis of the relationship between gene expression and genome organisation. Secondly, the functional response of the bacteria will be analysed in an experimental design combining the effect of essential amino acid depletion and osmotic stress in the diet of the aphid host.
Les progrès fulgurants de ces dix dernières années réalisés dans les domaines de la microinformatique et de la microfluidique associés au génie génétique (PCR et séquençage) ont permis un changement d'échelle dans la quantité des données acquises au cours d'une même expérience. La transcriptomique est directement issue de ces avancées technologiques. Ce mémoire présenté pour l'obtention d'une Habilitation à Diriger des Recherdes porte sur l'analyse du transcriptome de la bactérie intracellulaire obligatoire des pucerons, Buchnera aphidicola. Dans la première partie, les principales méthodes d'analyses statistiques différentielles et d'intégration des données transcriptomiques sont présentées sous la forme d'une analyse bibliographique. La deuxième partie est consacrée au développement d'outils bioinformatiques : ROSO, un logiciel d'optimisation des sondes oligonucléotidiques, la puce Buchnera et SITRANS, un système d'information pour la gestion et la publication des données d'expression. Enfin, la dernière partie est consacrée à la caractérisation du transcriptome de Buchnera en condition de stress trophique de son hôte, le puceron du pois Acyrthosiphon pisum. La régulation transcriptionnelle chez les bactéries symbiotiques intracellulaires à génome réduit est encore actuellement très mal connue. Cette question sera abordée chez Buchnera tout d'abord au niveau évolutif par l'étude de la relation entre l'expression des gènes et leur organisation dans le génome, puis au niveau fonctionnel, par la caractérisation de la réponse de la bactérie à une diminution de la quantité d'acides aminés essentiels dans le substrat nutritif du puceron, combinée à un stress osmotique.
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Dates et versions

tel-00482270 , version 1 (10-05-2010)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00482270 , version 1
  • PRODINRA : 248104

Citer

Hubert Charles. Analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique du puceron Acyrthosiphon pisum. Sciences du Vivant [q-bio]. INSA de Lyon, 2006. ⟨tel-00482270⟩
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