Le milieu lagunaire formé par les étangs de Berre et de Caronte est né d'une ingression marine, vers 6000 av. J.-C. Si d'importants vestiges de l'Age de Fer et de l'Antiquité ont été mis à jour sur les rives de Caronte, aucun habitat n'a pu être identifié après l'époque romaine: Caronte n'est semble-t-il, au haut Moyen-Âge, qu'un lieu de passage et de pêche (présence de bourdigues, grandes nasses à poisson). Cet espace est néanmoins convoité par les divers pouvoirs locaux nés de l'effondrement de l'autorité publique, pour des motifs économiques (bourdigues), mais aussi militaires, Caronte et l'Ile formant la porte d'entrée de l'étang de Berre, et donc de la Basse Provence occidentale. La fondation de St-Geniès et du port de Bouc au XIIe s., de l'Ile-St-Geniès au XIIIe s., ainsi que de Ferrières et de Jonquières façonnent cette zone palustre : le centre-ville de la future ville de Martigues se dessine vers 1400. En 1581, la création de Martigues par l'union de l'Ile, Ferrières et Jonquières procure les bases d'un fort développement économique et démographique. La croissance de la cité s'effectue selon un modèle atypique, les phases de pression démographique induisant la création, par remblayage, de secteurs constructibles sur la lagune. Mais du fait de la faible profondeur de Caronte et de la concurrence du port de Marseille, Martigues ne peut suivre l'augmentation du tonnage des navires au XVIIIe s., et son économie connaît jusqu'à l'ère pétrochimique une longue atonie.