Cette thèse vise à reconstituer les dynamiques de végétation et des sols, ainsi que l’activité des feux depuis la dernière période glaciaire dans le Centre-Est de la France. L’objectif est plus particulièrement de déterminer la période à partir de laquelle les forçages anthropiques prennent le pas sur les forçages climatiques dans la dynamique des écosystèmes et à caractériser la nature et l’intensité des pratiques agro-pastorales qui accompagnent ce changement. Pour cela des analyses paléo-écologiques (palynologiques,micro-anthracologiques et géochimiques) ont été réalisées à partir de trois séquences sédimentaires lacustres du Sud-Jura et du Bas Dauphiné.Du Tardiglaciaire au début de l’Holocène, soit de 14700 à 9000 cal. BP, les évolutions des indicateurs paléo-écologiques apparaissent fortement corrélées aux oscillations climatiques régionales et globales. Jusqu’au milieu de l’Holocène, de 9000 à 5000 cal. BP environ, les données polliniques montrent un impact anthropique de faible ampleur sur la couverture forestière, qui n’engendre aucun changement significatif dans l’activité des feux et les dynamiques d’érosion. De plus, durant cette période,aucun changement climatique ne semble avoir été suffisamment intense ou durable pour engendrer des modifications remarquables des écosystèmes. A partir de 5000-4500 cal. BP, les dépôts sédimentaires enregistrent une augmentation de l’activité des feux liée à son utilisation comme outil de conquête par l’homme sur la forêt (essartage par exemple). Cette période correspond au passage d’un régime de feu sous « contrôle naturel » à un régime sous « contrôle anthropique ». Ce n’est que plus tardivement, vers 2300 cal BP (second âge du Fer), que les activités agropastorales deviennent assez intenses pour modifier durablement la couverture végétale et générer une érosion sans précédent des sols. Le régime du feu change à nouveau, suite à une modification de son usage ; il devient alors un outil de gestion des espaces agropastoraux et les analyses attestent de son rôle capital dans les dynamiques de transformation et d’évolution des paysages. La pression anthropique devient permanente et un seuil important semble avoir été franchi dans l’histoire locale des agro-systèmes.Au sein de cette période très anthropisée, trois grandes périodes se détachent : l’âge du Fer jusqu’à la période romaine, le Moyen Age et l’époque moderne se distinguent par leurs types de pratiques agro-pastorales et leurs effets sur l’érosion des sols.