Les éditions critiques numériques sont des ressources patrimoniales annotées, sous une forme numérique. De telles éditions prennent la forme d'une transcription des ressources originales, augmentées d'un apparat critique, c'est-à-dire, la forme de données structurées. Dans un contexte collaboratif, a structure de ces données est définie explicitement par un schéma, document interprétable qui contraint la manière dont les éditeurs vont pouvoir annoter les ressources primaires et va de ce fait garantir une certaine homogénéité dans le respect de la politique éditoriale. Les projets d'édition critique numérique font classiquement face à deux problèmes techniques. Le premier a à voir avec l'expressivité des langages d'annotation, qui empêchent l'expression de certaines informations utiles. La seconde tient au fait que, par expérience, les schémas qui sous-tendent une édition critique vont être amenés à évoluer au cours de la réalisation de cette édition ; cependant, modifier le schéma implique qu'il faille mettre à jour l'intégralité des données structurées validées par ce schéma, ce qui est habituellement effectué à la main par les éditeurs, au moyen de scripts ad-hoc – si les éditeurs, faute de moyens ou de temps, ne renoncent pas à faire évoluer la structure de données. Dans ce travail de thèse, nous définissons les fondements théoriques pour l'établissement d'un système éditorial dédié à l'édition critique numérique. Nous définissons les eAG, un modèle d'annotation déporté basé sur un formalisme de graphes cycliques, autorisant a plus grande expressivité. Nous définissons un mécanisme de schéma innovant, SeAG, permettant la validation à la volée des eAG au cours de leur manufacture. Nous définissons également une syntaxe de balisage présentant des similarités avec les langages d'annotation classiques comme XML, tout en préservant l'expressivité des eAG. Enfin, nous proposons une algèbre bidirectionnelle pour les eAG de telle sorte que, si un SeAG S est transformé en un SeAG S', alors tout eAG I validé par S est traduit de manière semi-automatique sous la forme d'un eAG I', validé par S', et tel que toute mise à jour de I (respectivement I') soit propagé, de manière semi-automatique, sur I' (resp. I).