The role of the chromatin organization in DNA double strand break repair in mouse embryonic stem cells - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2020

The role of the chromatin organization in DNA double strand break repair in mouse embryonic stem cells

Rôle de l’organisation de la chromatine dans la réparation des cassures double brins chez les cellules souches embryoniques

Résumé

Multiple parameters can influence DNA repair, including local chromatin organization around the damage site, cell differentiation status, and a cell cycle state. Developing a CRISPR/Cas9 system in mouse embryonic stem cells for specific targeting chromatin types of interest, and HR-TIDE, a method to detect repair outcome, we were able to show that homologuos recombination frequency, despite often being low, is higher in embryonic stem cells than in differentiated cells. However, we could see that it is at least partially caused by cell cycle differences. We could also confirm that transcriptionally active chromatin is rather promoting homologous recombination, whereas facultative heterochromatin and bivalent domains represent a repressive environment. All in all, our data shed light on the role of bivalent chromatin and facultative heterochromatin in the process of DNA repair pathway choice.
De plusieurs facteurs influencent la réparation de l'ADN, y compris l'organisation locale de la chromatine, l'état de différenciation et du cycle cellulaire. En développant un système CRISPR/Cas9 dans des cellules souches de souris pour induire des cassures des doubles brins dans divers contextes chromatiniens, et HR-TIDE, une méthode pour détecter le résultat de la réparation, nous avons pu montrer que la fréquence de l’utilisation du recombinaison homologue est plus élevée chez les cellules souches que dans les cellules différenciées. Nous avons pu voir qu'il est partiellement causé par des différences de cycle cellulaire. Nous pourrions également confirmer que la chromatine active favorise plutôt la recombinaison homologue, alors que l'hétérochromatine facultative et les domaines bivalents la répriment. Dans l'ensemble, nos données ont mis en lumière le rôle de la chromatine bivalente et de l'hétérochromatine facultative dans le processus de choix de la voie de réparation de l'ADN.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03325159 , version 1 (24-08-2021)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03325159 , version 1

Citer

Liubov Chechik. The role of the chromatin organization in DNA double strand break repair in mouse embryonic stem cells. Agricultural sciences. Université de Strasbourg, 2020. English. ⟨NNT : 2020STRAJ033⟩. ⟨tel-03325159⟩
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