A l'ère de la crise mondiale de la biodiversité, les activités humaines sont la principale cause de dégradation, de fragmentation et de destruction des habitats naturels. À l'échelle mondiale, le taux d'extinction des espèces a atteint un niveau sans précédent, et environ un million d'espèces sont aujourd'hui menacées d'extinction (selon le dernier rapport de la plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques -- IPBES). La biologie de la conservation est un domaine de recherche multidisciplinaire qui tente de relever les défis de cette crise. Le développement d'approches pratiques promouvant la conservation tout en réduisant le fossé entre la recherche et l'implémentation est l'un de ses objectifs. Ces dernières décennies, la planification systématique de la conservation (PSC) a émergé dans cette direction comme un cadre reposant sur l'optimisation et l'informatique. Son principal objectif est de fournir une aide à la décision dans la planification des actions de conservation en intégrant les objectifs écologiques avec les contraintes des gestionnaires.Dans cette thèse de doctorat, nous avons introduit une approche formelle pour modéliser et résoudre des problèmes de PSC basée sur la programmation par contraintes, une méthode issue de l'intelligence artificielle et basée sur le raisonnement automatique. La motivation principale de cette approche était d'apporter plus d'expressivité à la PSC (i.e. d'accroître l'étendue et la variété des problèmes qui peuvent être représentés et résolus), notamment par l'intégration de contraintes spatiales avancées et d'indices du paysage. Les approches formelles sont souvent plus exigeantes à implémenter et à transposer à large échelle que les approches heuristiques. Cependant, elles fournissent des garanties de satisfaction et d'optimalité sur les solution produite qui peuvent améliorer considérablement la qualité de l'aide à la décision.Nous avons évalué les méthodes développées dans cette thèse sur des données réelles issues des forêts de Nouvelle-Calédonie. Point chaud de la biodiversité, la Nouvelle-Calédonie doit faire face à de nombreux défis pour la conservation de sa biodiversité. De plus, le contexte développé, insulaire et peu peuplé de cet archipel permet une grande proximité entre les différents acteurs de la conservation, ce qui en fait un terrain d'étude approprié pour expérimenter de nouvelles approches. Nous avons illustré cette particularité à travers un cas d'étude menée en étroite collaboration avec les gestionnaires du parc provincial de la "Côte Oubliée - Woen Vùù - Pwa Pereeù". Dans cette étude, nous avons fourni une aide à la décision dans un projet de reforestation, en mettant l'accent sur la réduction de la fragmentation et l'amélioration de la connectivité structurelle. Dans l'ensemble, nous avons démontré le caractère générique, la flexibilité et l'expressivité de l'approche basée les contraintes appliquée à la PSC. Nos résultats ont également ouvert de nouvelles perspectives pour l'aide à la décision en Nouvelle-Calédonie, la PSC, et la programmation par contraintes.