La chimie covalente dynamique (DCvC) trouve des applications dans divers domaines de recherche, tels que la découverte de médicaments, la biotechnologie, la science des matériaux, etc. Cependant, le développement de nouvelles réactions covalentes dynamiques a été limité par divers facteurs. A partir d’une réaction réversible d’échange d’amide décrite récemment, ce doctorat avait pour objectif d’optimiser la méthodologie de ligation chimique native covalente dynamique (dcNCL), afin de construire des bibliothèques covalentes dynamiques basées sur la dcNCL et pouvant conduire à la formation d’un auto-assemblage après amplification de constituants spécifiques. Dans le premier chapitre, nous présentons une introduction générale sur la DCvC, qui identifie les réactions covalentes dynamiques les plus utilisées. Nous décrivons ensuite leurs applications au sein de bibliothèques combinatoires dynamiques (DCLs) en se focalisant particulièrement sur les systèmes impliquant des peptides et des protéines. Dans le deuxième chapitre, nous rappelons les principes de la dcNCL. En étudiant divers paramètres qui gouvernent la dcNCL sur des peptides modèles ou des petites molécules, nous proposons une optimisation du protocole de dcNCL dans diverses conditions environnementales. Le troisième chapitre décrit la première application de notre approche méthodologique à des DCLs complexes contenant simultanément des constituants hydrophiles, hydrophobes et amphiphiles, conduisant à l’amplification d’un auto-assemblage supramoléculaire unique. En résumé, cette thèse décrit l’optimisation méthodologique de la dcNCL et son application à des DCLs capables de sélectionner des nanostructures auto-assemblées. Ces travaux permettent d’envisager d’étendre cette nouvelle liaison covalente dynamique à diverses applications.