Étude des différentes approches d’indexation du génome au pan-génome : application aux génomes de riz - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2020

Development of indexing compressed structures for analyzing collection of similar genomes : application to rice genomes.

Étude des différentes approches d’indexation du génome au pan-génome : application aux génomes de riz

Résumé

The subject of my thesis concerns the study of index structures and compression methods to find a solution to the problem of indexing a collection of similar genomes. The ultimate goal is to apply these methods to the indexation of rice genomes and to facilitate the analysis of the impact of their structural variations on recombination rates, allele frequencies, GWAS studies, Other activities of GenomeHarvest. The indexation of complete genomes is an important stage in the exploration and understanding of data from living organisms. An index should provide a quick answer to the following questions: - How many times a given pattern appear in the genome? - Which are the positions of a given pattern? - What is the pattern length at the i position in the genome?
Le sujet de ma thèse concerne l’étude des structures d’indexation et les méthodes de compression de données pour palier au problème d’indexation d’une collection de génomes similaires.Le but ultime est d’appliquer ces méthodes à l’indexation des génomes du riz afin de faciliter l’analyse de l’ensemble des études et activités du projet GenomeHarvest. Comme par exemple l’impact de leurs variations structurelles sur les taux de recombinaison, les études des fréquences allèliques, les études GWAS, etc.L’indexation de génomes complets est une étape importante dans l’exploration et la compréhension des données d’organismes vivants. Un index devrait fournir une réponse rapide aux questions suivantes :- Combien de fois un motif donné apparaît dans une collection de génomes ?- Quelles sont les positions et les génomes porteurs d’un motif donné ?- Quelle est la longueur du motif à la position i pour un génome donné ?C’est ce que nous avons réalisé grâce à cette thèse, nous avons réfléchi, proposés un algorithme. Une fois l’algorithme trouvé, nous avons implémenté cet algorithme sous forme d’un logiciel qui permet l’indexation d’une large collection de génome et son requêtage.
Fichier principal
Vignette du fichier
20-0045_Agret.pdf (9.14 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04054396 , version 1 (31-03-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04054396 , version 1

Citer

Clément Agret. Étude des différentes approches d’indexation du génome au pan-génome : application aux génomes de riz. Bio-informatique [q-bio.QM]. Montpellier SupAgro, 2020. Français. ⟨NNT : 2020NSAM0045⟩. ⟨tel-04054396⟩
48 Consultations
44 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More