Cette thèse propose une étude des pratiques actuelles pour l'acquisition de données, la supervision et le contrôle distant de systèmes embarqués connectés (internet des objets IoT).Le but est de mettre en avant une approche pluridisciplinaire, interopérable et généraliste pour l'instrumentation à distance et d'accorder à chaque utilisateur la liberté de modifier, utiliser, distribuer la solution proposée.Dans un premier chapitre, l'instrumentation et la supervision à distance de systèmes physiques sont présentés en s'articulant autour des concepts d'échange d'information, de télémesure et de télécontrôle, de stockage de données, d'automatisation de tâches et de sécurité.Les problématiques du FAIR (extit{Findable, Accessible, Interoperable and Reusable}) abordées dans ce domaine demandent de concevoir des algorithmes ou des logiciels et de traiter des données qui seront accessibles à l'aide d'un identifiant unique.Les utilisateurs ou les machines pourront trouver ces objets via des moteurs de recherche et des méta-données afin de les réutiliser.Cette approche novatrice, au regard des logiciels existants, demande aux objets développés d'être interopérables, libres, ouverts et décentralisés afin d'être utilisés par un maximum de personnes, de systèmes informatiques existants ou de domaines d'application.Dans un second chapitre, des logiciels de supervision dans les secteurs de l'industrie, de la recherche et de l'éducation sont exposés et comparés avec les différents critères retenus.Les besoins identifiés à l'aide des cas d'application observés demandent d'échanger des informations permettant de connaître et de modifier l'état d'un système physique, d'organiser les données récoltées pour mieux les comprendre et les utiliser, et de proposer une solution agnostique du point de vue du domaine scientifique étudié et du type d'utilisateur.Les travaux de cette thèse proposent de définir différentes abstractions dans l'architecture logicielle d'un système de supervision et d'instrumentation afin de rendre le système interopérable.Il s'agit de séparer la configuration et la communication des instruments de la configuration de l'interface humain-machine, de ne pas avoir à toucher au code de l'application pour la configurer et l'utiliser, de gérer des applications synchrones et asynchrones ainsi que les erreurs de communication entre les systèmes inter-connectés.La solution proposée dans la troisième chapitre repose sur une infrastructure logicielle dont l'architecture permet de faire évoluer, de modifier et d'adapter l'interface aux besoins de chaque utilisateur.L'interface est accessible via une page web et donne accès à divers outils comme la gestion d'événements, d'alertes et l'ajout de scripts.Enfin les cas d'application étudiés durant cette thèse sont présentés au chapitre 4 et s'articulent autour des systèmes embarqués dans les domaines de l'ingénierie côtière, de la gestion énergétique du bâtiment ainsi que le déploiement de plateforme permettant de réaliser des travaux pratiques à distance dans l'éducation.