Hydrogen bonding for the stabilization of different peptide conformations - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2023

Hydrogen bonding for the stabilization of different peptide conformations

Liaison hydrogène pour la stabilisation de différentes conformations de peptides

Résumé

H-bond plays an essential role in the stabilization of peptides and proteins. Among these interactions, the most common one is C=O···H-N, a backbone–backbone H-bond that drives peptides to fold into secondary structures. Additionally, other types of H-bonds such as backbone–side chain interaction also contribute significantly to peptide stabilization. Firstly, we described the conformations of γ/α-hybrid peptides alternating (R,R)-cis-³,⁴CB-GABA and (R)/(S)-alanine, which are controlled by the most common C=O···H-N H-bonds. These hybrid peptides were characterized by computation, by solution and solid states experimental techniques, suggested that the RR,S series γ/α-hybrid peptides adopt a 12/10 helix. Then, we explored the impact of the backbone–side chain interaction on stabilizing C5 interactions. The conformations of Aatc(Me) derivatives were characterized by computation, by experimentally in gas and solution phases, suggesting that a backbone–side chain N-H···N C6γ interaction can stabilize the C5 H-bond, and the C5-C6γ H-bonding system prevalent in Aatc(Me) oligomers. We also characterized the conformations of Aatc(Me,O), Attc(O) and Attc(O,O) derivatives, and proved that a backbone–side chain C7δ interaction could stabilize the C5 H-bond in some oxidized derivatives. At last, we analyzed the conformation of N-benzoxazolinone trans-ACBC derivatives and demonstrated that the N-benzoxazolinone moiety has a significant impact on the C8 local conformation of trans-ACBC derivatives.
La liaison H joue un rôle essentiel dans la stabilisation des peptides et des protéines. Parmi ces interactions, la plus courante est la liaison C=O···H-N, une liaison H entre le squelette et le dos qui pousse les peptides à se replier en structures secondaires. En outre, d'autres types de liaisons H, telles que l'interaction entre le squelette et la chaîne latérale, contribuent également de manière significative à la stabilisation des peptides. Tout d'abord, nous avons décrit les conformations des peptides hybrides γ/α alternant (R,R)-cis-³,⁴CB-GABA et (R)/(S)-alanine, qui sont contrôlées par les liaisons C=O···H-N H les plus courantes. Ces peptides hybrides ont été caractérisés par calcul, par des techniques expérimentales en solution et à l'état solide, ce qui suggère que les peptides hybrides de la série RR,S γ/α adoptent une hélice 12/10. Ensuite, nous avons étudié l'impact de l'interaction entre le squelette et la chaîne latérale sur la stabilisation des interactions en C5. Les conformations des dérivés de l'Aatc(Me) ont été caractérisées par calcul et expérimentalement en phase gazeuse et en solution, ce qui suggère qu'une interaction N-H···N C6γ du côté du squelette de la chaîne peut stabiliser la liaison H C5 et le système de liaison H C5-C6γ prédominant dans les oligomères de l'Aatc(Me). Nous avons également caractérisé les conformations des dérivés de l'Aatc(Me,O), de l'Attc(O) et de l'Attc(O,O), et nous avons prouvé qu'une interaction C7δ entre l'épine dorsale et la chaîne latérale pouvait stabiliser la liaison H en C5 dans certains dérivés oxydés. Enfin, nous avons analysé la conformation des dérivés trans-ACBC de la N-benzoxazolinone et démontré que la partie N-benzoxazolinone a un impact significatif sur la conformation locale en C8 des dérivés trans-ACBC.
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Origine Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04166042 , version 1 (19-07-2023)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04166042 , version 1

Citer

Dayi Liu. Hydrogen bonding for the stabilization of different peptide conformations. Organic chemistry. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASF041⟩. ⟨tel-04166042⟩
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